El museo se creó en 1988 gracias a la iniciativa de un grupo de aficionados a la mineralogía y algunos profesores de la EUP de Almadén. Los primeros ejemplares fueron aportados por miembros de este grupo, el Colegio de Ingenieros Técnicos de Minas de Almadén y el IGME.

Museo Francisco Pablo Holgado
Fachada del Edificio Fausto Elhuyar con el castillete (Fot. J.M. Sanchis, 2023)
AccederNotable sería la donación de Francisco Holgado Sagra, y en agradecimiento a este se bautizó el Museo con el nombre de su hijo, fallecido, Francisco Pablo Holgado. En un principio ocupó un pequeño espacio de unos 25 m² en el edificio principal del centro (edificio Störr) de la Escuela Politécnica Universitaria, cuya inauguración se produjo el 4 de diciembre de 1988.

En 1992, y ante el gran crecimiento experimentado por el Museo, se trasladó su ubicación a una sala de mayores dimensiones (100 m²), con nuevas vitrinas y mejores accesos.

El año 2000 se levantó en la Escuela un nuevo edificio, nombrado como Fausto Elhuyar, en el que se integraron las ruinas de los calabozos de la antigua Cárcel de Forzados, el nuevo Museo y la Biblioteca Histórica, junto a aulas y despachos.

En el exterior se conserva el castillete metálico y la máquina de extracción del pozo nº 5 de la mina Diógenes (siglo XIX-XX), situada en el Valle de Alcudia (Ciudad Real).